Zgodnie z art. 15 ust. 8 powołanej ustawy, na wniosek kierownika CIS, zawierający kopię listy wypłaconych świadczeń integracyjnych, starosta właściwy dla siedziby CIS refunduje ze środków Funduszu Pracy kwotę wypłaconych w poprzednim miesiącu świadczeń integracyjnych wraz ze składkami na ubezpieczenia społeczne. Na wniosek kierownika CIS starosta może również przekazać CIS zaliczkę na wypłatę świadczeń integracyjnych. Opisane rozwiązanie jest stosowane m.in. w realizowanym obecnie projekcie, w ramach Działania 9.1.1 (projekt pt. CIS MEA - AKTYWNA INTEGRACJA). Należy jednak pamiętać, że o środki na świadczenie integracyjne CIS może wystąpić dopiero po uzyskaniu statusu Centrum nadanego przez wojewodę właściwego ze względu na miejsce funkcjonowania CIS.
Odrębnie należy rozważyć kwestię finansowania świadczeń reintegracyjnych z dochodu wytworzonego przez CIS. Dochody uzyskiwane podczas realizacji projektu pomniejszają wydatki kwalifikowalne projektu (na zasadach określonych w Rozdziale 6.9 Wytycznych w zakresie kwalifikowalności wydatków w ramach Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności na lata 2014-2020) z dnia 19.09.2016 r. Ponieważ dochód wygenerowany w projekcie pomniejsza wydatki kwalifikowalne, zatem nie jest możliwe przeznaczenie dochodu na sfinansowanie wydatku w projekcie (w omawianym przypadku świadczenia reintegracyjnego).