Zgodnie z obowiązującym prawem wszystkie świadczenia wypłacane uczestnikom projektów finansowanych ze środków EFS (bez względu na ich wiek), np. stypendia szkoleniowe czy stażowe, są wolne od podatku dochodowego od osób fizycznych na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 137 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Oznacza to, że tych kwot nie należy pomniejszać o zaliczkę na podatek dochodowy od osób fizycznych.
Zgodnie z Wytycznymi w zakresie realizacji przedsięwzięć z udziałem środków Europejskiego Funduszu Społecznego w obszarze rynku pracy na lata 2014-2020 Beneficjent jest zobowiązany odprowadzić składki na ubezpieczenie emerytalne, rentowe, wypadkowe i zdrowotne. Kwoty naliczonych składek są wydatkiem kwalifikowanym.
W związku z tym oprócz kwoty stypendium stażowego beneficjent powinien w budżecie projektu uwzględnić koszt składek.

W odniesieniu do sposobu zapisu w budżecie powyższych wydatków dopuszczalne są dwa rozwiązania. Beneficjent może w jednej pozycji budżetowej wykazać łączną kwotę tj. stypendium stażowe + składki, bądź też przedmiotowe kwoty mogą zostać wykazane w dwóch oddzielnych pozycjach w budżecie.

Ponadto mając na uwadze zapisy ww. Wytycznych stażysta w okresie odbywania stażu powinien być objęty ubezpieczeniem od następstw nieszczęśliwych wypadków, z tytułu wypadku przy pracy lub choroby zawodowej. Koszt tego ubezpieczenia jest wydatkiem kwalifikowalnym w projekcie, który nie zawiera się w kwocie stypendium.