Kontrola towarzyszy realizacji każdego projektu dofinansowanego z funduszy unijnych. Jest obowiązkowym elementem w trakcie jego trwania lub krótko po zakończeniu, poprzedzając ostateczne rozliczenie. Może też nastąpić w trakcie okresu trwałości projektu.
Ogólne zasady kontroli, w tym zakres podmiotowy i przedmiotowy, określone są w Wytycznych w zakresie kontroli w ramach Programu Wiedza Edukacja Rozwój 2014-2020.