Zabezpieczeniem prawidłowej realizacji umowy jest składany przez wnioskodawcę, nie później niż w terminie 15 dni roboczych od daty podpisania umowy o dofinansowanie weksel in blanco wraz z wypełnioną deklaracją wystawcy weksla in blanco. Z obowiązku ustanawiania zabezpieczenia, zwolnione są jednostki sektora finansów publicznych, fundacje, których jedynym fundatorem jest Skarb Państwa oraz Bank Gospodarstwa Krajowego. W szczególnych przypadkach wynikających z okoliczności, o których mowa w rozporządzeniu Ministra Rozwoju Regionalnego z 18 grudnia 2009 r. w sprawie warunków i trybu udzielania i rozliczania zaliczek oraz zakresu i terminów składania wniosków o płatność w ramach programów finansowanych z udziałem środków europejskich (Dz.U.2009.223.1786), od wnioskodawcy może być wymagane wniesienie zabezpieczenia w innej formie. Wartość zabezpieczenia powinna być nie mniejsza niż wysokość przyznanego dofinansowania.