Art. 68 ust 1 lit. a rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 1303/2013 umożliwił uproszczone, ryczałtowe rozliczanie kosztów pośrednich do wysokości 25% bezpośrednich kosztów kwalifikowalnych, z zastrzeżeniem, że stawka jest obliczona na podstawie rzetelnej, sprawiedliwej i weryfikowalnej metody obliczeń. W celu usprawnienia wdrażania projektów współfinansowanych z EFS w całym kraju, Ministerstwo Infrastruktury i Rozwoju zdecydowało się na wykorzystanie tej możliwości i opracowanie ww. metodologii. W wyniku tego, w Wytycznych w zakresie kwalifikowalności wydatków w zakresie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności na lata 2014 - 2020 z dnia 10 kwietnia 2015 r., zwanych dalej Wytycznymi określono definicję ryczałtowych kosztów pośrednich, ich wartość uzależnioną od wartości projektu i typu projektu lub podmiotu odpowiedzialnego za jego realizację oraz zasady stosowania stawek ryczałtowych.
Należy podkreślić, że definicja kosztów pośrednich zawarta w Wytycznych obejmuje wszystkie koszty administracyjne związane z obsługą projektu, których szczegółowy, choć otwarty katalog został wskazany w Wytycznych. Ww. definicja jest niezwykle istotna z punktu widzenia instytucji nadzorujących realizację projektów, gdyż wydatki nią objęte nie mogą zostać wykazane w ramach kosztów bezpośrednich. W praktyce, podmiot dokonujący oceny kwalifikowalności na etapie wyboru projektu ma obowiązek zweryfikować, czy w ramach zadań merytorycznych określonych w budżecie projektu (w kosztach bezpośrednich) nie zostały wykazane koszty, które stanowią koszty pośrednie oraz zapewnić brak podwójnego finansowania w projekcie.
Koszty pośrednie obejmują m in. koszty personelu zaangażowanego w zarządzanie i obsługę projektu. W praktyce dotyczy to czynności takich jak np.:
- koordynowanie i nadzorowanie projektu,
- rozliczanie, w tym monitorowanie,
- organizacja wsparcia w ramach projektu, w tym organizacja szkoleń i doradztwa (ale nie prowadzenie szkoleń i doradztwa),
- prowadzenie rekrutacji w ramach projektu, w szczególności wyszukiwanie i informowanie uczestników projektu i prowadzenie spotkań informacyjnych o projekcie oraz koszt ogłoszeń rekrutacyjnych w mediach, na plakatach i ulotkach (ale nie koszt personelu udzielającego wsparcia i identyfikującego potrzeby grupy docelowej przy rekrutacji, np. psychologa, o ile w ogóle koszt taki jest uzasadniony specyfiką danego projektu),
- informowanie o projekcie i jego promocja, w tym prowadzenie strony internetowej o projekcie oraz prawidłowe oznakowanie projektu,
- obsługa kadrowa, księgowa i finansowa,
- obsługa sekretariatu i kancelarii,
- obsługa prawna, w tym w zakresie prowadzenia procedury zamówień publicznych.