Po zakończeniu kontroli zostaje sporządzona informacja pokontrolna, którą Beneficjent otrzymuje w celu zapoznania się z jej treścią i w razie braku uwag podpisania. Istnieje również możliwość wniesienia pisemnych zastrzeżeń, w terminie 14 dni.

Jeżeli podczas kontroli wykryte zostaną nieprawidłowości, przygotowane zostaną zalecenia pokontrolne wraz z terminem ich wypełnienia.

Wydatki poniesione w sposób nieprawidłowy muszą zostać objęte korektą wysokości przyznanego dofinansowania, a dokładnie jego pomniejszeniem, gdyż nie można kwot wycofywanych z projektu przeznaczać na inne wydatki w tym samym projekcie. W skrajnych wypadkach może to prowadzić nawet do całkowitej utraty dofinansowania lub rozwiązania umowy.