Zgodnie z wyjaśnieniami otrzymanymi z Ministerstwa Rozwoju, całość kosztów pośrednich w ramach projektów pozakonkursowych PUP finansowana jest w ramach limitu dla danego powiatu na wydatki fakultatywne. Jednocześnie, zgodnie z Wytycznymi w zakresie realizacji projektów finansowanych ze środków Funduszu Pracy w ramach programów operacyjnych współfinansowanych z Europejskiego Funduszu Społecznego na lata 2014-2020 koszty pośrednie stanowią w całości wkład krajowy, co oznacza że rozliczane powinny być wyłącznie w paragrafach z czwartą cyfrą „9".